IIRSA se promueve como una iniciativa a largo plazo para lograr la integración física y la agilización de procesos. Esta dinámica integración se ha estructurado en torno a tres niveles de adopción de decisiones:

Comité de Dirección Ejecutiva: Está compuesto por autoridades gubernamentales de alto nivel, de cada uno de los países, que participan en el marco regulatorio, la orientación de políticas y la formulación de propuestas.

Comité de Coordinación Técnica: Consta de los tres bancos de desarrollo (CAF, FONPLATA y el BID) que coordinarán la ejecución de IIRSA y contribuirán a promover la inversión privada. Este comité también tiene a su cargo la diseminación de información y la participación de la sociedad civil.

Grupos Técnicos Ejecutivos: Están compuestos por funcionarios públicos y expertos designados por los gobiernos sudamericanos, y existen en cada eje de integración y en todos los procesos sectoriales.

Pilares de integración

a) Ejes de integración económica: La iniciativa de IIRSA está compuesta de 10 “ejes de integración económica” que transcienden las fronteras nacionales. Dichos ejes fueron definidos basándose en los flujos actuales y potenciales de concentración económica. Cada eje establecerá un nivel mínimo de servicios de infraestructura en los sectores de transporte, energía y telecomunicaciones. Los ejes son el instrumento fundamental de la iniciativa IIRSA para lograr sus objetivos de desarrollo.

Estos ejes están siendo definidos en realidad dentro de lo que IIRSA ha denominado la " Visión de negocios " y coinciden más bien con dos elementos importantes: En primer lugar, dibujan de manera idónea las rutas más adecuadas para el transporte de mercancías, particularmente entre el Océano Atlántico y el Océano Pacífico. En segundo lugar, los Ejes coinciden con las áreas más importantes en términos de recursos no renovables (minerales, gas, petróleo) y de biodiversidad (plantas, animales, microorganismos). Los 10 ejes de integración son los siguientes:

•  Eje Andino
•  Eje Andino del Sur
•  Eje del Amazonas
•  Eje de Capricornio
•  Eje del Escudo Guayanés
•  Eje de la Hidrovía Paraguay-Paraná
•  Eje Interoceánico Central
•  Eje MERCOSUR
•  Eje Perú-Brasil-Bolivia
•  Eje del Sur